Al segle XVII, la ciutat de Tobolsk va aconseguir un gran desenvolupament, i va ser anomenada capital de Sibèria. Inicialment, la ciutat del Kremlin era de fusta. No obstant això, va ser sovint sotmès a incendis, per la qual cosa a finals dels 70 del segle XVII, el governador Peter Sheremetyev va rebre l'ordre del tsar de construir la pedra del Kremlin de Tobolsk. Així, el 1677, es va iniciar la construcció d'una nova catedral del Kremlin i de Santa Sofía.
Construcció
L’Església de Santa Sofía es va construir al llarg de deu anys, però el Kremlin de Tobolsk, abans de la seva última aparició, va haver de ser construït durant més d’una dotzena d’anys. L’alçada del mur de la fortalesa assolí els quatre metres i mig i la longitud era de 620 metres. Allotjava 9 torres de seguretat. A l'interior de les muralles es van construir diverses esglésies i belles cambres (Kazennaya, Prikaznaya, etc.), Gostiny Dvor. En l’arquitectura d’aquestes estructures es nota la influència de l’arquitectura europea, que és inherent al període del regnat de Pere el Gran. El dissenyador i director de construcció va ser un meravellós cartògraf i geògraf rus Semyon Remezov.
Durant algun temps, la construcció del Kremlin es va suspendre i es va reprendre només el 1746. Fou en aquell any que es construí la catedral d’Intercessió al costat de la Santa Sofia. Cap al final del segle XVIII, el Kremlin de Tobolsk va perdre la seva significació defensiva i va començar a convertir-se en el centre de la ciutat. Naturalment, les muralles de la fortalesa van haver de ser desmantellades. Prop de la catedral de Pokrovsky, es va construir la residència del màxim clergue de Sibèria, el bisbe i al costat de la cambra de l'Ordre, el palau del virrei, un bell edifici a l'estil del classicisme rus. No obstant això, el moment més famós de la història del Kremlin va ser la finalització de la construcció del gegant campanar de la catedral de quatre nivells (75 metres) a la vigília del segle XIX.
El castell de presons del Kremlin de Tobolsk
A partir de la primera dècada del nou segle, Tobolsk va deixar de ser considerada la capital de Sibèria i va transferir aquest títol a una altra gran ciutat siberia - Omsk, convertint-se en un punt de transbordament per als condemnats. Per tant, el castell de presons es va construir al territori del Kremlin, acollint prop de mil i mig presos. Quin tipus de convidats famosos aquest castell no acceptava en les seves parets "hospitalàries": Txernisquevsky, Dostoievski, Korolenko, Petrasevev, etc. Per cert, a l'època soviètica, especialment en els temps de Stalin, aquesta presó també va complir el seu propòsit.
